解放战争时期，宋庆龄通过海外华侨将一大批军需药品秘密运往国内，然而船行至东海突然失踪我党中央立即派人查找，国民党也出动海、陆、空军前往搜查。原来药品遭到海盗方大雨劫持，海盗们不知箱中是何物，方大雨欲请恋人海曼的父亲来弄清这批货到底是什么。当方大雨赶到鱼乡小镇，发现海曼的父亲惨遭地方女匪首王八妹的毒手致伤，而海曼也被绑架。方大雨将自己儿子托付给法华寺方丈，只身回到岛屿。我党特派员鲁平伪装成郎中，走街串巷打听失踪船只的下落，不幸落入匪手。侦查员小郭巧妙地救出鲁平和海曼，并一同去找方大雨，狡诈的王八妹派人暗中跟踪。方大雨感谢鲁平他们救了海曼，却始终不提归还药品的事。

《神秘失踪的船》的整体故事贴近生活，风格温馨感人，该片色彩柔和温暖，制作独特，《神秘失踪的船》将青春题材进行了新的演绎，把故事讲得起伏动人，也在家国大义的背景下立体化呈现出青年人尤其是女性的成长蜕变。

影评:

1,有些人，注定是生命中的过客；有些事，常常让我们很无奈。别等不该等的人，别伤不该伤的心。孤独，不一定不快乐；得到，不一定能长久；失去，不一定不再拥有。爱的时候，让他自由；不爱的时候，就让爱自由。

2,他们都说：爱一个人是劫，有人劫后余生，有人在劫难逃。

3,为了丰富电影的观赏性，影片中还采集了动漫、武侠、恐怖等类型片的元素，并且处理得非常自然。

4,尽管影片长达三小时，却并没有让观众感到漫长，相反观众完全沉浸在故事当中。

5,影片从头至尾保持了一种快狠准的感觉，毫不拖泥带水，没有煽情没有说教，加深了叙事上的紧迫感。采用纪录片般的影像风格。